Vers 1200, Philippe-Auguste décide la construction d'une enceinte pour protéger la ville. La zone du Marais reste alors en lisière du Marais fortifié. Sa situation « périphérique » séduit le futur roi Charles V, désireux de quitter les solennités du Louvre, qui entreprend dès 1360 d'y installer un hôtel royal : l'Hôtel Saint-Paul, dans l'espace compris aujourd'hui par les rues Saint-Paul, Saint-Antoine, du Petit-Musc et les quais. Davantage qu'un palais, l'hôtel se compose d'une agglomération de maisons au milieu de jardins.

L'actuelle rue des Lions-Saint-Paul tient son nom de la ménagerie royale de Charles V, où l'on pouvait admirer, dit-on, les premiers lions vus en Europe. Charles V fait également bâtir une nouvelle muraille et, cette fois-ci, le quartier du Marais est intégré à la ville, à l'ombre de la prison de la Bastille. Courtisans, marchands et ouvriers s'installent alors autour de la demeure royale et le nombre d'habitants croît considérablement.

Cent ans plus tard, l'Hôtel est démantelé et vers 1550, des rues sont percées sur son emplacement. C'est ensuite Henri IV qui donne ses lettres de noblesse au quartier : la place Royale (notre actuelle place des Vosges, achevée en 1612) constitue désormais le cœur d'un quartier loti de nombreux hôtels particuliers décorés par les meilleurs artistes du temps.

Mais la Révolution française marque la fin de l'âge d'or du Marais : les hôtels sont pour la plupart abandonnés, vendus ou saisis. L'église Saint-Paul ne survit pas à la Révolution et les paroissiens migrent vers la rue Saint-Antoine voisine.

Au XIXème siècle, la sociologie du Marais est grandement remodelée et le quartier devient un quartier de travailleurs. Les hôtels sont transformés, les appartements découpés, les cours s'encombrent d'ateliers d'artisans, les façades sont anarchiquement rehaussées.

Au lendemain de la première Guerre mondiale, on délimite dans Paris 17 zones déclarées insalubres. L'actuel Village Saint-Paul est englobé dans un quadrilatère de 14 hectares, de la place Baudoyer à la rue Saint-Paul et de la Seine aux rues François-Miron et Saint-Antoine, désigné sous le nom d'îlot insalubre n°16.
Toute la partie ouest de la rue Saint-Paul est menacée de destruction pure et simple. Attirés par les faibles loyers malgré l'exiguïté des appartements et leur vétusté, de nombreux habitants d’origine modeste s’y sont installés.

En 1941, la préfecture de la Seine, dont les pouvoirs avaient été renforcés par le régime de Vichy, mène une opération d'expropriation d'envergure dans l'îlot 16 ; les expulsions sont violentes et l'opération tragiquement complétée par les départs sans retour de nombreux habitants juifs du quartier.

À la Libération, la problématique du relogement impose une réhabilitation rapide d'appartements dans le périmètre ; en 1962, la loi Malraux vient au secours du Marais, qui devient un « secteur sauvegardé » ; le quartier Saint-Paul est donc préservé. À de rares exceptions près, le bloc d'immeubles compris entre les rues de l'Ave Maria, des Jardins-Saint-Paul, Charlemagne et Saint-Paul échappe à la démolition et bénéficie d'une opération de curetage : on dégage les surélévations et les constructions à l'intérieur des bâtiments, pour donner naissance au début des années 1980 au « Village Saint-Paul ».